Se trata de dos impresionantes cascadas petrificadas (carbonato de calcio) formadas, desde hace miles de años, por el escurrimiento de agua carbonatada. Desde los manantiales, el agua desciende por agrestes cantiles de más de 50 metros de altura.
El área de manantial que da origen a ésta, fue aprovechada para crear una gran alberca que actualmente se ha convertido en balneario natural, de agua regularmente templada.
Hierve el Agua ha sido reconocido como un probable lugar sagrado de los antiguos zapotecos, que fue situado aquí debido, quizás, a sus grandes contrastes naturales, pues está en el corazón de una abrupta sierra que durante el estiaje se caracteriza por su extrema aridez.
En Hierve el Agua se han dado cita numerosos arqueólogos, biólogos y geólogos, por tratarse de un sitio donde se construyó hace más de 2,500 años un complejo sistema de riego del cual aún existen importantes vestigios.
Gracias a estas investigaciones se ha logrado entender la forma de construcción y el funcionamiento de las terrazas y canales que cubren una amplia extensión en torno a la zona del anfiteatro, que es la que recibe visitantes, también se ha determinado que se trata de un antiquísimo sistema de riego, único en su tipo en México, donde los antiguos habitantes desarrollaron una agricultura intensiva orientada al máximo aprovechamiento del agua de los manantiales, en un terreno con pronunciadas pendientes.
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